O jogo segue com as ações secretas de Sam Fisher, um agente que trabalha no ramo de operações secretas dentro da NSA chamado "Third Echelon".
Sam Fisher entra em ação novamente em 2007, quando o sequestro de um programador de computador de de alto perfil está de alguma forma conectado com uma guerra de informação entre a Coreia do Norte, Coreia do Sul, China e Japão. E uma antiga missão também começa a obcecar Sam.